文献中的NTA粒径浓度图那么好看怎么做的?| 希尔博士来告诉你
Dr.Cell实验室
希尔博士
Dr.Cell实验室在检测外泌体NTA,提供NTA鉴定报告时,经常会被问到:你们可以提供文献中的粒径浓度分布图么?文献中的粒径浓度分布图怎么做的?……
今天就和小希一起来Get新技能,学习怎么用Origin软件绘制出文献中NTA粒径浓度分布图!
获得数据
01.
Dr.Cell实验室检测外泌体NTA会提供完整的数据,每个样本每检测一次,将得到以下5个文件(每个送检外泌体样本Dr.Cell实验室将至少重复检测3次,因此一个检测样本会有3组NTA如下数据)。
① 视频文档:记录颗粒的布朗运动状态
② 检测报告:PDF文档(详情请查阅:NTA报告解读说明)
③ 原始数据:记录检测过程中仪器的温度、电导率等参数,以及颗粒粒径与数量原始数据
④ 检测说明:记录检测样本池11个位点的检测情况
⑤ 原始文件:FCS文件,可通过ZetaView软件、流式Flowjo软件打开
制图
02.
我们将用文档③中原始数据进行作图。
*注意.
文档③中原始数据包含线性检测数据与对数检测数据!
两组数据之间是 “-1.000000、-1.000000、-1.000000、 -1.000000”隔开!
常规取线性数据作图,即选择
“Size Distribution”至 “-1.000000、-1.000000、-1.000000、 -1.000000” 之间的数据!
也可直接宣传粒径至1000nm的数据作图。
▲ 粒径、浓度数据
▲ 线性数据-对数数据
直接将数据复制至Origin软件工作表中
(例:选取至粒径1000nm的颗粒数据)
Origin 软件打开如下图:
▲ Origin
将“Size / nm Number Particles / mL E+6 Volume / nm^3” 复制至Origin 软件“Long Name”行, C列中“E+6”无意义,直接去掉。
将粒径浓度数据(例:选取粒径2.5nm至粒径1002nm的颗粒数据)复制至A1单元格开始。
▲ C列中“E+6”无意义,直接去掉。
选中A列(粒径)与C列(颗粒浓度),点击工具栏中“Plot→Line→Line”,得到粒径浓度图。
▲ 选取原始数据中1,3列数据
▲ 粒径浓度分布图
调整坐标
03.
调整纵坐标,双击纵坐标,弹出“Y Axis”框,“Display”选择“Scientific:1E3”
▲ 纵坐标调整
点击“Scale”,“From”选项可以调从“0”开始,也可以不调整,此例调整为“0”。
“To” 选项调整Y轴最大值,使得峰值位于图中的上1/3处。
“Increment”调整纵坐标单位刻度,单位刻度为“100000”。
▲ 纵坐标调整
调整后如下图:
依次调整横坐标,双击横坐标刻度数值后,点击“Scale”,“From”选项可以调从“0”开始,也可以不调整。
“To”选项可以调成“600-1000”,“Increment”调整纵坐标单位刻度,此例中调整为“100”。
▲ 横坐标调整
调整后如下图:
▲ 坐标调整图
平滑处理
04.
接下来,平滑处理,点击“Analysis”→“Signal Processing” →“Smooth” →“Open Dialog” 即弹出对话框。
下一次平滑处理时可直接点击“Analysis”→“1 Smooth” 即弹出对话框。
▲ 平滑处理
▲ 平滑处理
弹出框“Output”选项选择“XY = input XY”, 即在原图上直接调整。调整后如下图:
其中“Points of Window”是调整平滑度的,一般可以不用调整,数字越大越失真。
▲ 平滑处理图
双击峰图跳出“Plot Details”可调整峰图颜色、线条、宽度等。
▲ 峰图调整
完成,调整后如下图。
▲ 最终粒径浓度分布图
原液粒径浓度分布图
05.
如需要得到原液的粒径浓度分布图,将“Particle/mL ”数据乘以稀释倍数,即得到原液浓度结果。
稀释倍数见文档中“Dilution”,或者PDF报告右上角“Dilution Factor:”
▲ PDF报告-稀释倍数
同样可以对比分析多个样本的粒径浓度分布结果,得到组合图。
▲ 文献中的粒径浓度分布图 (ref.1)
完整的操作视频:
此次采用的是Origin软件:OriginLab OriginPro 8.5。
软件下载地址:关注逍鹏生物,回复:Origin
版权属软件注册者所有,仅限科研试用!
Reference
Navarro Sanchez, M.E., Soulet, D., Bonnet, E.et al. Rabies Vaccine Characterization by Nanoparticle Tracking Analysis. Sci Rep 10, 8149 (2020). https://doi.org/10.1038/s41598-020-64572-6
END.
◐ 往期推荐 .
联系我们:189 1849 5545(微信)
电话:021-58785545
http://www.xpbiomed.com/
Copy right 2012 by Shanghai XP Biomed Ltd. All Rights Reserved
沪 ICP备12039761号-1 沪ICP备12039761号-2 沪ICP备12039761号-3 沪ICP备13002267号-1