外泌体研究思路攻略,高分文章发起来!
1983年,外泌体首次于绵羊网织红细胞中被发现,最初被认为只是一种细胞的废弃物。1987年Johnstone将其命名为“Exosome”,即外泌体。外泌体(Exosome) 是一种能被大多数细胞分泌的微小膜泡,分布于外周血、 尿液、 唾液、腹水、羊水等体液中。外泌体内含有与细胞来源相关的蛋白质和核酸,可以运输蛋白质、mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA等进入受体细胞,参与细胞间通讯。不同细胞来源的外泌体所含有的蛋白成分和RNA不太相同,通过高通量技术对外泌体 RNA 进行测序,可快速高效获得外泌体 RNA 的全面信息,是疾病诊断和随访的理想手段。
【image ref:Schorey JS. EMBO Reports. 2015;16(1):24-43. 】
外泌体近年来有很多高分文章,重要研究思路包括:基础研究(信号转导、运输机制、生物学功能)和转化医学(biomarker、靶点治疗、给药载体)。
外泌体常规整体研究思路
01 样品收集与预处理
外泌体几乎存在于所有生物体液中,包括血液、唾液、尿液、滑液、羊水、乳汁、细胞培养液等。我们可以选择不同的样本来源进行相关的外泌体研究。为了获得高纯度的外泌体,必须确保有效去除所有的细胞碎片及其他杂质。
【image ref:A.IBRAHIM ET AL / AR PHYSIOLOGY 2016】
不同的实验样本采集时需要注意不同地方,如细胞培养上清在收集样本前使用去除外泌体的血清(如去外泌体胎牛血清,Exosome depleted Fetal Bovine Serum, VivaCell P/N: C38010050 )或者无血清培养基,以降低背景值的干扰(牛血清中含有大量牛源外泌体)。
02 外泌体分离与保存
目前主要根据外泌体的大小、密度、免疫特性等特点进行外泌体的分离。分离出高纯度的外泌体是进行后续外泌体研究的关键步骤,外泌体分离方法主要包括以下几种:
差速超速离心、密度梯度离心、超滤、免疫磁珠法、试剂盒提取。
差速超速离心是目前高分文章比较认可的一种方法。提取的外泌体在短时间使用,可以放在4℃保存,如果需长时间保存可以放在-20℃或-80℃中。
只需三步简单操作,30min-3h分离得到完好的外泌体,可用于研究RNA及蛋白质组学分析。
03 外泌体鉴定
国际细胞外囊泡协会发布的指南(《MISEV 2018》(查看下载全文))给定了三个实验联合鉴定外泌体的方法:① 粒径(Nanoparticle Tracking Analysis, NTA), 验证粒子直径分布是否符合外泌体定义;②透射电镜(Transmission Electron Microscope,TEM)观察样品中是否有与外泌体相似的经典结构;③ 蛋白标志物(Western Blot, WB)验证样品中是否具有外泌体的标志物蛋白。
① 外泌体浓度粒径分析(NTA)
NTA(Nanoparticle Tracking Analysis),原理是对每个颗粒的布朗运动进行追踪和分析,结合Stockes-Einstein方程式计算出纳米颗粒的流体力学直径和浓度。NTA技术已被外泌体研究领域认可为外泌体表征手段之一;相较于其他表征方式,NTA技术的样本处理更简单、更能保证外泌体原始状态、检测速度更快。
【Dr.Cell实验室检测】
② 外泌体透射电镜(TEM)
外泌体透射电镜适合外泌体双层囊膜超微结构观察,可观测样本中是否存在外泌体样结构(通常为茶托型或一侧凹陷的半球形),同时可测量外泌体大小。
【Dr.Cell实验室检测】
③ 外泌体WB检测
根据《MISEV 2018》指南,外泌体Western Blot鉴定通常检测的指标蛋白为:外泌体跨膜蛋白(CD9、CD63、CD81等)、膜结合蛋白(TSG101、HSP70、ALIX等)、阴性对照(Calnexin)、内参(GAPDH、β-actin)等。
【image ref:PLoS One. 2013, 8(9): e73790】
04 外泌体示踪
① 亲脂性染料:PKH-67(green)/PKH-26(red)
PKH67的体内荧光半衰期为10-12天。相比于PKH-67,PKH-26(red)具有更长的半衰期,标记在兔红细胞上的PKH26半衰期长达100天以上。特别适用于体外增殖研究以及长期的体内细胞跟踪研究。
【image ref:Biomaterials. 2014】
② 亲脂性羰花青染料(carbocyanine dyes): Dil(橙色荧光)/DiO(绿色荧光)/DiD(红色荧光)/DiR(深红色荧光)
DiI、DiO、DiD、DiR是一系列亲脂性的荧光染料,可以用来染细胞膜和其它脂溶性生物结构。这些环境敏感性荧光染料在进入细胞膜之前荧光非常弱,当与细胞膜结合后其荧光强度大大增强。
DiR,近红外荧光的亲脂性DiOC18(“DiR”)在水中微弱荧光。
【体内静脉注射DiR标记的外泌体,24H后进行成像观察,J Extracell Vesicles. 2015】
ExoFLARE是能活化荧光染剂(Fluorogen)的蛋白标记物,只有在ExoFLARE与荧光染剂结合的时候才能观察到荧光,结合后ExoFLARE持续刺激荧光染剂,以长时间维持荧光亮度及低背景干扰。
ExoFLARE CD81蛋白标记物转染至DU145N细胞。
绿色为Hoechst核染色,红色为ExoFLARE荧光。
05 外泌体分子检测
外泌体含有与细胞来源相关的蛋白质、脂肪、mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA等,可以调节受体细胞的行为,参与细胞间通讯,可作为基本的循环生物标志物,也可作为治疗靶点实现疾病治疗。
miRNA 高通量测序
LncRNA 芯片测序
ceRNA 芯片测序
蛋白质组分析(iTRAQ、TMT、Label-free)
Dr.Cell 希尔博士技术服务
提供外泌体整体解决方案:
将预处理的原始样本或提取的外泌体寄至逍鹏生物,Dr.Cell实验室会依据需求对样本进行:
外泌体分离提取
外泌体NTA
外泌体TEM
外泌体WB鉴定
外泌体染色标记
外泌体示踪
外泌体高通量测序
蛋白质组分析
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